时间追溯到旧中国海关时期。1929年，当时的海关总税务司署建立关警队，成立沿边陆上武装缉私队伍，并组建了拥有几十艘大、小型巡缉舰的海上缉私舰队，堪称“中华民国第二海军舰队”。
新中国成立后，根据对旧中国海关“全盘接收、逐步改造”这一政策，旧中国海关关警队的建制一直延续到20世纪50年代，改称为人民关警队。
新中国成立之初，以美国为首的西方国家对新中国实行严密的经济封锁，造成国内一些商品严重短缺，而毗邻港澳的华南边境港湾河流错综复杂，陆地丘陵起伏，且未实行严格的边境管理，旅客无需证件即可自由进出，走私活动十分猖獗。拱北海关辖区内、与澳门交界的关闸支关一带，每天有约1000辆自行车载货走私，每辆自行车每天往返五六次。广（州）深（圳）铁路沿线每日走私的更是多达万人以上。国民党残余军队特别是特务机关，也利用港澳与大陆之间紧密的物资人员交流，进行爆炸、偷渡、走私、偷运假币等破坏活动。如1954年6月，国民党海军军舰将正常行驶在台湾海峡的原苏联“陶普斯”号油轮劫持到台湾，企图借此扼杀新中国的对外贸易。华南各海关缉私工作既危险又繁重，其他海关也有相应的缉私任务。
针对上述情况，新中国海关加强武装缉私力量建设，1949年底至1950年初，各海关对接管的关警队进行了改编。1950年4月18日，经政务院财政经济委员会批准，统一了全国海关查私武装部队名称、编制、任务及服装式样。海关查私及警卫武装部队统一改称“中华人民共和国海关人民关警队”，简称“人民关警队”。其任务是：查私、押运、看守私货关产及警卫工作。
人民关警队成立初期，人员有1100多人，分布在全国18个海关，其中九龙海关人数最多。人员与武器装备主要在接管原关警队的基础上加以补充和完善。1950年6月，华南缉私舰队起义归来事件爆发，滞留香港的20艘缉私舰艇听从党的召唤，于6月15日夜冒险闭灯启航，在解放军的掩护下，冲破当时国民党军队的炮艇封锁线，于16日清晨驶抵广州沙面水域，投入了党的怀抱，也增强了人民关警队力量。
根据中央人民政府政务院1950年1月27日公布的《关于关税政策和海关工作的决定》，1951年前后，海关总署通令各关，将巡卫国境海岸的职能及武装舰艇及各海关所在地之外专为查私而设的机构，移交中央人民政府公安部，各口岸海关辖区内缉私工作仍由海关承担，自此人民关警队更多地承担警卫、守护、抄船等工作，人员编制逐渐减少，职能管理工作也由原海关总署查私处负责转为人事处负责。1955年，尚有天津、青岛、上海、福州、厦门、汕头、广州、九龙、江门9个海关保留关警，有的单纯担任警卫工作，有的还协助进行查私工作。
1955年4月14日，全国海关人事工作会议提出对各海关关警队的处理意见：单纯担任警卫的关警可以取消，其他执行协助抄船、查私任务的可予保留。根据这一意见，各海关关警队编制开始陆续撤销。1957年7月，编制最为庞大的九龙海关关警队编制正式撤销。从此，人民关警队完成了自己的阶段性使命。


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