面对持续暴雨，海关采取措施保障通关秩序，目前广西、广东、湖南、江西等地通关顺畅。
在广西，南宁海关隶属柳州海关监管区鹧鸪江码头四号泊位平台则被洪水没过约1米，柳州海关及时组织巡查，确保各项监管到位、安全有序。
“多亏了海关的同志，才避免了我们那一批出口货物的损失。”广东恩平一家纺织印染企业有限公司的报关主管说，7月1日18：00，企业报关人员发现因为自己的疏忽，错误申报陆路出口口岸信息，导致货物仍然滞留出口口岸。眼看雨势越下越大，货物滞留下去可能造成较大的经济损失，企业非常着急。江门海关在收到企业报告后，第一时间安排人员联系处置所涉报关单。当晚23：00点，企业货物顺利离境。江门海关现场业务一处为协助船只在洪峰来临前装载完毕驶离码头，关员连日加班工作到凌晨3点，确保最后一艘船只装载清关。
因湘江长沙段全面禁航，湖南部分企业生产急需的进口货物水运转关遇阻。长沙海关立即通过关企qq群、电话联系等方式了解企业需求，第一时间对在汛期急需进出口的货物，按照长沙霞凝港与岳阳城陵矶间“到货通知互认”模式在长沙申报、岳阳验放。对仍在口岸未办理转关的货物，采用通关一体化模式在口岸验放，再由公路运输方式转运。7月4日，博世汽车部件（长沙）有限公司申报进口的一批汽车零配件在长沙海关办完通关手续后，货物即由上海洋山港码头改由汽车从陆路运抵长沙。
据长沙海关现场处通关科科长李磊介绍，长沙海关采取24小时预约加班、派查验关员上门验放、提高货物验放速度等措施。汛期货物进出口通关基本未受影响， 7月1日至4日，每天都有80多票进出口货物在海关放行通关。
长沙海关隶属岳阳海关及时了解并公布城陵矶洪水信息，对长江大堤及监管场和特殊监管区开展不间断巡查，及时清理监管场所和特殊监管区排水沟，防止发生内涝，确保岳阳城陵矶新港和岳阳城陵矶综合保税区业务正常运行。6月30日至7月3日，城陵矶新港吞吐集装箱2405标箱，城陵矶综保区监管进出卡口96车次，监管货物2598吨。
长沙海关驻黄花机场办针对因暴雨导致航班集中到达的情况，开放多条旅客通道，6月30日至7月4日，共监管进出境航班199架次，监管进出境人员31784人次。
受长江水位暴涨影响，按照地方防汛部署，南昌海关隶属九江海关负责九江市长江大堤17号闸口90米长的巡堤查险。九江海关组成由“一把手”带队的22人抗洪抢险党员突击队，于7月3日8:30起在该责任段每天4班次24小时不间断开展堤坝巡查值守工作。同时按九江市防汛指挥部部署要求立即搭建2间防汛值班房、储备3立方沙石和100条沙石编织袋。
为确保关区企业进出口通关顺畅，南昌海关多渠道了解外贸企业通关需求及海关监管货物安全状况，对曾遭受汛涝灾害的保税企业和此次受影响较大的市县内重点外贸企业指定专人对接联系。全天候接受企业预约通关，对因天气原因途中延误的货物加班验放；对因道路阻断无法前来海关办理业务的高资信企业，采取电话报告、事后交单等临时措施，对易湿、防潮等货物推行优先通关、下厂监装、下厂验放、随到随放等便利措施。


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